Pelin tavoite on tulla Super Marioksi kirjoittamalla "SUPER", minkä jälkeen pelaaja voi ampua linnaan, jonka päällä on Bowserin kuva. Seitsemän linnan tuhoaminen seitsemässä eri maailmassa pelastaa prinsessa Peachin, ja pelaaja pääsee syöttämään nimensä ja pisteensä. Replay myönnetään jos senhetkinen ennätys ylittyy. Tuhotut linnat säilyvät seuraavaan peliin, joten pelin voi aloittaa kuudella linnalla valmiina – silloin riittää yhden linnan tuhoaminen voittoon. Pisteet jäävät tosin huomattavasti pienemmiksi kuin kaikkien seitsemän maailman läpi pelatessa. Pelaaja saa aluksi kolme palloa, mutta lisää voi ansaita pelin aikana.
Pelissä on kuusi eri kierrosta: Bomb, Mega Bumpers, Yoshi's Countdown, !, Castle Extra Ball ja Cave Count-Up. Jokainen kierros tarjoaa väliaikaisen tavoitteen, josta saa pisteitä tehtävien suorittamisesta. Kierroksen pelaamiseksi pelaajan täytyy sytyttää kolme kilpeä osumalla spot targeteihin tai ampumalla ramppeja joissa kilvet ovat valaistuina. Tämän jälkeen pelaajan täytyy saada avain ohjaamalla pallo yhteen kolmesta sinkholesta avaimen valon palaessa. Sen jälkeen pelaaja valitsee flipperinapeilla haluamansa kierroksen. Jos valintaa ei tehdä muutamassa sekunnissa, järjestelmä valitsee sen kierroksen jonka kohdalla pelaaja sattuu olemaan. Super Mariona kierrokselle meneminen tuplaa sen arvon, myös extra ballit mukaan lukien. Kukin kierros kestää noin minuutin. Suoritettu kierros ei ole pelattavissa uudelleen saman pelin aikana. Kaikkien kuuden kierroksen läpäisy sytyttää Castle Specialin.